L'Institut a été créé le 16 décembre 2002 et a repris les compétences dévolues à la Direction de l'Egalité des Chances du Service Public Fédéral Emploi, Travail et Concertation sociale. L'Institut a pour mission de veiller au respect de l'égalité des femmes et des hommes, de combattre toute forme de discrimination et d'inégalité basées sur le sexe et d'élaborer des instruments et stratégies fondés sur une approche intégrée de la dimension de genre.