Il convient de distinguer deux types de commissions : d'une part les commissions permanentes, et d'autre part les commissions ad hoc. Le Conseil dispose a de deux commissions permanentes : la Commission Permanente du Travail dont l'existence et certaines compétences sont définies dans l'Arrêté Royal de réorganisation du Conseil (A.R. du 15 février 1993, art. 5 § 2 et art. 7) et la Commission pour la promotion de la présence équilibrée d'hommes et de femmes dans les organes consultatifs dont l'existence et les compétences sont définies dans l'Arrêté ministériel portant nomination des membres (M.B. du 1er juillet 2013). En outre, le Conseil a différentes commissions ad hoc créées en fonction des travaux que le Conseil programme ou des besoins du moment.
La Commission Permanente du Travail
Cette Commission se compose de deux sections, l'une traitant des problèmes généraux d'ordre sociale intéressant les employeurs et les travailleurs du secteur privé. L'autre traitant des problèmes généraux d'ordre social intéressant le Gouvernement et les travailleurs occupés dans le secteur public.
La Commission Permanente du Travail se compose de membres représentants les organisations représentatives des travailleurs, les organisations représentatives des employeurs, les syndicats des services publics et le Ministre de la Fonctions publique, de l'Emploi et du Travail et celui/celle chargé de la Politique de l'Egalité des Chances.
Annemie Pernot préside cette commission, Jean Jacqmain en est vice-président.
La Commission Organes d'avis
La Commission Organes d'avis a été créée conformément à l'arrêté royal du 19 janvier 2010.
Cette Commission est en charge de l'application et du suivi de la loi du 20 juillet 1990, visant à promouvoir la présence équilibrée d'hommes et de femmes dans les organes possédant une compétence d'avis. En outre, la Commission est chargé de dresser une liste globale des organes d'avis classés selon la compétence ministérielle concernée, et de transmettre ensuite cette liste, avec son avis, au/à la Ministre en charge de l'Égalité des Chances.
La présidence est assurée par M. Jean Jacqmain.
Les Commissions ad hoc
En fonction des nécessités liées essentiellement à la préparation d'avis, de campagnes de sensibilisation et de journées d'étude, le conseil ou, plus fréquemment le Bureau du Conseil, crée une Commission à laquelle il octroie un mandat précis.
Depuis 2006 les Commissions suivantes ont été actives :
- Commission Sécurité Sociale
- Commission Monoparentale
- Commission Genre et Assurances
- Commission Genre et Statistiques
- Commission Genre et Santé
- Commission Genre et Politique
- Commission Genre et Personnes âgées
- Commission Genre et Fiscalité
- Commission Genre et Pension
- Commission Majorité Sexuelle